人体里的动物园与占据身体90%微生物共存

我把书看完了才发现这是一位女性作者。 作者很有勇气，她在一次热带雨林做研究时，被蜱虫感染，为了治疗，她接受了很长的抗生素疗程，使得她身上很多益生菌被破坏，身体开始出现不良过敏反应。 为了搞清楚自己的身体到底发生了什么，作者开始进行微生物相关的研究，才诞生了我们阅读的这本书籍。 先对作者的勇敢与毅力说一声respect！ 接下来我要开喷了，这本书有两个特别大的缺点： 一，作者完全是为了证明自己的观点，而大量引用一些对自己有利的研究，而且很多研究的数据和实验本身还非常有争议性（更搞笑的是，作者一开始巴拉巴拉说了十几页后，才说“但是这个研究还饱受争议”。玩我呢？） 二，作者太罗嗦了。本来400页能写完的书，非要写700页。书中时不时就要出现一段之前早就出现过的重复内容。最后有一章【总结】，把此前提到过的所有内容又重复一遍。 据以此，一方面我相信作者写这本书是因为她要搞懂关于微生物的知识，另一方面，我又怀疑，作者也想顺便赚一波书稿（国外的书籍出版难道也按字数收费？）。 你说她要搞懂微生物吧，怎么书中也不提一提关于微生物生物学上的分类，或者微生物的一些普遍知识，通篇都是微生物的治疗有多么多么好，我们对微生物治疗不够重视。我差点都要以为下一章就要放产品链接了。 因此，大家千万要警惕这种伪科普类书籍。也不要把这本书当作科普书来看。 你要当作故事书，或者知乎小文章来看，这本书就还是有不少可圈可点的地方。确实她提到过的很多病例和知识点很有意思，也很有启发性，比如最后那个粪便移植治疗。 有一些观点，我在尹烨老师那里听到过，比如我们人体的大部分其实是微生物，人的很多身体特征会通过微生物来显现，人的遗传不单单是DNA遗传，还有微生物的传递......我差点怀疑作者是不是尹烨的小号。。 当然，我也差点犯了傲慢的错误。比如关于自然生产比剖腹产更好的观点，我带了点情绪，因为我认为女性有权利选择减少自己的痛苦。我差点为此弃书。还好，我当时向GPT求证了一下，发现作者的观点还真是对的。 但是关于自闭症，作者就很夸大其词了。目前关于精神疾病，普遍还是认为遗传因素较大，而不是什么微生物导致。 希望作者再写下一本书时能正视这些问题。 看在书的内容还算有启发性，依旧给个【推荐】吧，但是我建议大家还是跳着来看。我相信某硅谷大佬纳瓦尔同志会认同我的观点。

你知道身体肥胖可能是因为被病毒感染了吗？你知道身边为什么拥有“文明病”的人越来越多吗？你知道身体中还存在着“第二个大脑”吗？这是非常非常有意思的一本书！作者的文笔特别诙谐有趣，各种有关微生物的故事娓娓道来，印象最深刻的故事就是有关泡泡男孩（一个从小在无菌环境中长大的男孩）以及孤独症的病因可能是由于微生物多样性的缺乏或者区系的改变。 另外之前只知道抗生素一直被滥用，但没有太过在意这个事，而且以为抗生素的作用就是减少动物染病的概率，没想到是鸡吃了抗生素之后可以快速增肥，是不是鸡的微生物区系也被破坏了，所以导致鸡一下子变胖了呢？如果鸡吃了抗生素会变胖，人会不会也一样呢？而且很多人生病吃激素的药之后体重就减不下来了，可能就是内循环被破坏了。平常真的要多吃蔬菜好好保护肠道的微生物。没事不要吃抗生素，毕竟抗生素也治不了病毒感染。 另外关于母亲方面学到的就是母乳真的很重要啊啊啊，生命真的是一种很神奇的存在，在喂母乳的时候会把有益菌传给宝宝，同时哺乳对妈妈也是有好处的，会减少在晚年患糖尿病、高血压和心脏病的风险。还有剖宫产的风险其实高于自然分娩，容易造成感染、大出血以及麻醉产生的问题。感觉自己小的时候经常生病就是因为一直喝奶粉，导致没有建立足够的微生物菌群，长大以后才慢慢不生病了。 最后就是中医的“黄汤”原来是有科学依据的，古人的智慧真是博大精深，有太多太多的东西目前的科学都解释不出来，我们对这个世界了解得还是太少了。

乙巳年冬月十七《人体里的动物园：与占据身体90%微生物共存》已读完，大概用时2小时。这本书也是一本科普读物。 有些话想分享给大家，如果觉得打扰，可以忽略，谢谢。 说起来这本书是受上一本书《迷人的液体》影响开始阅读的，关键词就是书的名字中提到的人体、微生物。 人体是由细胞构成，细胞分裂，生长，分化，使各位从一个受精卵变成了拥有心肝脾肺肾，大脑等器官，组织的复杂生命体。 这本书认为你的身体不单单属于你自己，而是一个由人类细胞和数万亿微生物共同组成的、复杂而活跃的超级生命体。 这些微生物（主要是细菌，也有病毒、真菌和古菌）主要居住在肠道、皮肤、口腔、呼吸道等部位，它们共同构成了你的“微生物组”。 比如我们的肠道，口腔，生殖道中，都存在成千上万中不同的微生物菌群，例如为什么有的人一吃奶制品就拉肚子，或者放屁，这有可能是乳糖不耐症，那个人可能缺少乳糖酶，也可能缺少某种菌群。 这本书还提到了微生物和各种疾病，身体状态有什么关系，例如它提到肥胖可能是感染了某种病毒；微生物也会影响人的免疫系统，产生过敏，哮喘等等疾病；通过研究发现微生物甚至可以通过不同的途径与大脑交流，进而影响情绪等。 到这，可能觉得淡淡的，作者举了一个大多数人都能理解的案例。书中提到自然分娩和剖宫产分娩，认为顺产使婴儿首先接触母亲产道和肠道内的菌群，剖腹产使婴儿首先接触到环境中的菌群，影响早期免疫系统发育。书中还提到了母乳中含有某种有益的菌群，配方奶则略显逊色，因此奶粉喂养的宝宝抵抗力差；粪便移植，滥用抗生素担忧等。 读完这本书收获了很多有意思的科普知识，我也再一次感慨认知角度不同，形成了不同的世界观。 书中提到一个患有某种疾病的可怜小男孩直到12岁死亡前，一直生活在无菌环境，医生费尽心思帮他延续生命，不幸的是他姐姐骨髓中带有某种病毒，移植后被感染，死亡。书中也提到早年间西方外科医生没有清洁消毒的习惯，反而以白大褂越脏身体散发的味道越浓烈为荣，以此彰显自己的专业程度。有的医生甚至刚上了解剖课经过停尸房没有洗手消毒就给产妇接生，后果当然是莫名升高的产妇死亡率。有个医生大胆猜想假设其中的缘由，并通过实际行动验证，终于降低了死亡率，但这一行为在当时被认为是离经叛道的，那个医生最后也在精神病院去世。 由此可见传统西医学强调消毒杀菌，对这些微生物视作敌人，正如本书书名，人的身体中百分之九十是微生物，人体与这些微生物友好共同相处，进一步促进人的生长发育，而不是一棒子打死，都是坏东西，要消灭。 书中有一个章节讲到人如其食，微生物吃什么，你就变成什么，这里与古老的东方智慧不谋而合。中医讲究天人合一，脾胃为后天之本，脾胃主运化，是气血生化之源，用西医无限微观视角观察一下，这不就具体到了那些肠道菌群的作用吗？ 这本书读完后并没有太深刻的读后感，只是久久沉浸在惊讶中，那个心理学工作者车祸后感染了一种细菌，最后不得不截肢，但仍没有挽救自己的生命，最后恶化。人还是很渺小的，对自然，仍需要保持敬畏之心。

青春期性行为之所以容易受到肠道微生物影响，可从以下几条生物学链条来理解： 1. ​​激素水平骤变，为微生物-宿主互作提供“信号”​​ • 青春期伴随显著的性激素（雌激素、睾酮等）升高，这些激素不仅驱动第二性征发育，也会直接调节肠道黏膜屏障、消化酶分泌及免疫细胞功能，从而改变肠道环境。微生物群落对这种激素信号极为敏感，可在数周内调整代谢途径与菌群组成。 2. ​​肠道-大脑-免疫轴的化学通信在青春期被“放大”​​ • 肠道微生物通过代谢物（短链脂肪酸、色氨酸衍生物等）与中枢神经和免疫系统对话。青春期大脑突触重塑和情绪波动剧烈，任何来自肠道的化学信号都会被放大，进而影响性冲动、风险判断和社交动机。例如，孤独症相关菌群产生的代谢物可破坏肠壁并进入大脑，引发行为与情绪异常。 3. ​​免疫系统仍在“打磨”阶段，性行为带来的抗原刺激与微生物互作更明显​​ • 性行为会将外界微生物带入新的生态位，加之青春期免疫系统尚未完全成熟，对这些外来抗原的反应更剧烈。肠道微生物可迅速调整免疫活化状态，以适应性行为带来的挑战，这种“即时训练”在青春期尤为突出。 4. ​​性行为本身会直接改变肠道微生物组​​ • 研究发现，与男性发生性行为（MSW）与男男性接触者（MSM）相比，后者拥有明显不同的肠道微生物组，且这种差异与T细胞活化及HIV易感性相关。说明性行为模式本身就是选择压力，可迅速塑造肠道生态，反过来再影响激素、免疫与行为。 5. ​​生活方式与饮食习惯在青春期高度变动，进一步扰动微生物​​ • 性活动增加往往伴随饮食结构、作息、压力水平的变化，这些都会通过“营养竞争”“黏膜刺激”等机制改变肠道菌群多样性，从而间接影响性激素与情绪。 综上，青春期性行为与肠道微生物形成了一条“激素-微生物-免疫-行为”闭环： • 激素飙升→改变肠道环境→微生物群落快速重组→代谢物与免疫信号变化→影响大脑及性行为； • 性行为本身又把新微生物带入体系，进一步微调这一闭环。因此，青春期成为肠道微生物与宿主共同塑造性行为的关键窗口期。

阿兰娜·科伦在2015年写作时，微生物组研究正处于从"相关性观察"迈向"机制与干预"的转折点。十年来，书中提出的多数核心观点不仅被进一步证实，部分还经历了重要修正，并从"有趣的科学假说"走到了"临床指南"。下面按书中核心命题逐条对照最新进展。 一、"10% 人类"的修辞被修正，但"超有机体"框架更稳了 书中最具传播力的数据——"你只有10%是人类"——在2016年就已被重新估算推翻。 以色列魏茨曼研究所 Sender、Fuchs 和 Milo 在 PLOS Biology 发表的修正论文逐项重算后给出新数字：标准70公斤男性体内约有30万亿个人类细胞、38万亿个细菌，比例接近 1:1，而非 10:1；细菌总质量约0.2公斤。科普中国的科普文章也明确指出，"每次排便会让肠道细菌减少三分之一"，所以"人是细菌多还是细胞多"在一天之内都会反复切换。 但这个修正没有动摇科伦的核心命题，反而让它更精确：数量上虽接近1:1，微生物承载的基因数量却是人类的百倍以上，是名副其实的"第二基因组"。"超有机体"这个框架比"10%"那个修辞更经得起时间考验。 二、饮食→菌群→健康：从"吃什么养什么菌"升级为"微生物转向" 这是进展最扎实的领域。2024年10月，比利时鲁汶大学（正是科伦书中引用的卡尼教授所在机构）在 Nature Reviews Microbiology（IF:69.2）发表重磅综述，系统阐述了膳食纤维与肠道微生物组的互作及其对肥胖、心脏代谢疾病和癌症的影响。 关键进展有三层： 1. 膳食纤维的发酵产物被锁定为短链脂肪酸（SCFAs） 可溶性纤维在结肠被共生菌发酵，主要产生乙酸、丙酸、丁酸。2025年 Foods 期刊综述明确指出，SCFAs 通过 GPR41/GPR43 等受体促进 GLP-1 和 PYY 分泌、增强胰岛素敏感性、抑制 TNF-α 和 IL-6 等炎症因子，对2型糖尿病有明确的改善机制。 2. 营养科学正在经历"微生物转向" 2025年11月 Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology 的综述提出：食物的营养效应往往要通过菌群这一"中间层"实现——同一高纤维饮食，不同个体的血糖反应可能完全不同，因为菌群构成不同。这直接解释了科伦书中"饮食是微生物的遥控器"的深层机制。 3. 纤维的"异质性"被重视 最新综述强调：不是所有纤维都一样。纤维的化学结构、溶解度、发酵能力差异巨大，对特定菌群的影响不能一概而论；成年人每天应摄入25-30克纤维的全球达标率仍极低。这意味着科伦书中"高纤维有益"的方向是对的，但精细化、个体化是新一代研究的重点。 三、肠-脑轴：从"现象描述"走向"神经回路级机制" 科伦在书中用比利时女孩A小姐的惠普尔病例来说明肠-脑轴，当时这还是个相对前卫的假说。十年后，这一领域爆发式进展： 机制层面，2024年 Cell 发表的研究揭示了慢性压力→大脑杏仁中央核→迷走神经→十二指肠腺→乳杆菌→免疫的完整神经回路。这是首次在神经回路水平上证明"压力通过脑-肠轴改变菌群"的具体路径。 疾病层面，Nature Medicine 2024年研究揭示了肝性脑病的肠-脑轴新机制：活泼瘤胃球菌通过苯丙氨酸脱羧酶产生苯乙胺驱动肝性脑病，靶向该通路可逆转神经症状。 综述层面，Nature Reviews Microbiology（IF:103.3）系统总结了菌群与大脑的四种交流途径：菌群衍生物穿越血脑屏障、激活免疫细胞分泌细胞因子、刺激肠内分泌细胞分泌激素、通过肠道感觉神经传入中枢。 ⚠️ 需要冷静看待的是：菌-肠-脑轴在帕金森、阿尔茨海默、抑郁、自闭症等领域确实有大量FMT（粪菌移植）探索性治疗，但除复发性艰难梭菌感染外，多数神经精神疾病的FMT治疗仍处于临床探索阶段，尚未形成一线推荐。中华结直肠疾病电子杂志2025年综述也明确指出，FMT治疗帕金森病、AD等"取得良好成效"的研究多为小样本，需要更大规模RCT验证。 四、粪菌移植（FMT）：从先锋实验到规范化临床手段 这是书中"微生物修复"章节落地最彻底的部分。 1. 复发性艰难梭菌感染：FMT已成首选 英国胃肠病学会（BSG）与英国感染学会（HIS）2025年联合发布的第二版指南，明确将FMT定位为复发性/难治性艰难梭菌感染的首选治疗手段，单次FMT治愈率达80%-90%，远高于抗生素；严重不良事件发生率约0.1%。 2. 炎症性肠病：2025版中国专家共识出炉 中华医学会肠外肠内营养学分会等牵头制定的《肠菌移植治疗炎症性肠病专家共识（2025版）》给出29条推荐意见，覆盖适应证选择、供体筛选与质控、移植途径与剂量、并发症处理全流程。共识特别强调：FDA曾报告因供体耐药菌转移导致严重感染甚至死亡的案例，供体筛查合格率不足10%——这意味着FMT绝非"民间可以尝试"的疗法。 3. 跨适应证拓展 2025年《肠道菌群移植治疗免疫介导性皮肤病指南（2025版）》发布，针对特应性皮炎、银屑病、斑秃、红斑狼疮等免疫介导性皮肤病给出循证推荐。肥胖症领域也有《肠道微生态制剂及菌群移植治疗肥胖症专家共识（2025版）》，指出多菌株益生菌制剂疗效可能优于单一菌株。 4. 技术精细化 新一代FMT不再是简单的"粪便移植"： - 制备过程需用丙啶单氧化物结合qPCR区分活菌/死菌，确保活菌计数 - 严格厌氧条件保留普拉梭菌、脆弱拟杆菌等关键抗炎有益菌 - "粪便菌群移植+小肠液移植"的全菌谱移植成为新型方式 - 口服胶囊因安全便捷成为主流给药形式之一 五、书中未充分展开、但近五年爆发的新方向 除了验证和修正，微生物组研究还出现了科伦2015年书中未能预见的新前沿： "肠-X轴"全面开花：除肠-脑轴外，肠-肝轴、肠-心轴、肠-皮轴、肠-关节轴、肠-肺轴等均发现菌群参与。例如 Science 2024年研究首次发现"肠-关节轴"在骨关节炎中的作用：梭状芽孢杆菌合成的GUDCA通过抑制FXR促进GLP-1分泌，缓解关节病变。 精准化与量化评估：伦敦国王学院等机构2025年发表于 Nature 的研究，整合3.4万人群的宏基因组、临床与饮食数据，构建了"肠道微生物组健康评分"体系，可稳定预测个体血糖、血脂、炎症水平及代谢疾病患病风险，并在全球超7800人中得到验证——这意味着"测菌群、评风险、定干预"的个性化时代正在到来。 代谢产物成为新主角：研究热点从"活菌本身"转向短链脂肪酸、吲哚衍生物、次级胆汁酸、后生元等代谢产物。《肠道微生态制剂及菌群移植治疗肥胖症专家共识》（2025版）明确指出，益生菌可通过调节肠道菌群失衡治疗肥胖症，且多菌株益生菌制剂疗效可能优于单一菌株制剂。 芳香烃受体（AHR）成为免疫调节新靶点：Nature Reviews Drug Discovery 2024年综述指出，首个FDA批准的AHR激活剂Tapinarof已用于治疗银屑病；肠道菌群代谢产物本身就是AHR的内源性配体——这把"菌群-免疫"的调控机制推进到了药物开发层面。 六、需要保持谨慎的边缘 客观来看，书中部分观点在新证据面前需要"降降温"： - 益生菌的局限被更清楚认知：市面上大多数益生菌菌株对健康人群的获益证据并不像书中暗示的那么强；"选对菌株、持续补充"的原则是对的，但具体哪株对哪种病有效，需要严格RCT验证，而非一概而论。 - 剖宫产与菌群的因果关系：书中将剖宫产与儿童过敏、哮喘风险升高直接关联，新研究更倾向于这是一个混杂了母体菌群、环境、喂养方式等多因素的复杂问题，而非单向因果。 - "重塑菌群就能治病"的乐观预期：FMT对艰难梭菌感染几乎根治，但对多数慢性病的疗效仍在探索，菌群干预不是万能药。

《我们只有10%是人类：认识主宰你健康与快乐的90%微生物》 阿兰娜·科伦 56个笔记 ◆ 序曲 另外的90% >> [插图] >> 了解我们身上的微生物，会带来一种关于我们个体的新视角，一个我们与微生物世界的关联的新认知。微生物是我们在幼年生活中与家人及环境相互作用的遗赠，它们让我们停下来思考人类演化也许还有其他维度。 ◆ 第1章 21世纪文明病 >> 尽管存在差异，但这些不同的疾病有两个特点。第一个特点是免疫系统，它将过敏与自身免疫性疾病画了等号。我们的身体一直在寻找干扰免疫系统功能的罪魁祸首，导致经常出现过度反应。第二个特点，是隐藏在更多的常见症状之后的肠道功能紊乱。一些现代疾病之间的关联很明显 >> 免疫系统和肠道这两个特点，也许看起来并不相关，但仔细研究肠道结构可以提供进一步的线索。提到免疫系统，多数人会想到白细胞与淋巴结，但这并不是免疫系统最活跃的部分。事实上，人类肠道中的免疫细胞数量，比存在于身体其他部位的免疫细胞数量总和还多，大约60%的免疫系统组织位于肠道周围，特别是在小肠末尾、进入盲肠及阑尾那一段。我们理所当然地将皮肤视为人体的保护层，却没想过肠道也是。虽然肠道位于体内，但它仅有薄薄一层细胞将外来物质与血液隔开，因此肠道周围的免疫系统变得更为关键——经过此处的每个分子和细胞都会被评估，并且在必要时被隔离出来。 >> 通过对事件、对象、地点、时间的分析，我们能够得出四点结论。第一，“21世纪文明病”通常由肠道开始，并且与免疫系统有关。第二，这些疾病通常发生在年轻人身上，通常是儿童、青少年及青壮年，并且很多疾病女性患者多于男性。第三，这些疾病多出现在西方世界，然而如今在逐渐现代化的发展中国家也越来越流行。第四，这些疾病的兴起始于20世纪40年代的西方，并且发展中国家也随后跟上。 ◆ 第2章 所有疾病都源于肠道 >> 卡尼怀疑是“肥胖的”微生物区系导致了发炎反应，并且改变了脂肪储存的方式。他知道有些住在肠道内的细菌会被一种叫作“脂多糖”（lipopolysaccharide，简称LPS）的分子覆盖，这种分子若是跑到血液中则会形成毒素。果然，他发现肥胖的人血液中有大量的脂多糖，而脂多糖就是造成脂肪细胞发炎的原因。更引人注目的是，卡尼发现脂多糖会阻止身体形成新的脂肪细胞，所以已经存在的脂肪细胞就会被继续装到满溢。 >> 瘦人的肠道微生物群系中大约有4%属于这种细菌，但肥胖者的肠道内几乎没有这种细菌。这种细菌名字中的muciniphila意为“喜欢黏液的”，它们生活在厚厚的黏液表层，而这些黏液会形成阻止微生物区系进入血液的屏障，因为微生物进入血液后可能会变得有毒性。阿克曼氏菌的数量不只会影响身体质量指数，这种细菌的含量越低，黏液层也会越薄，血液中的脂多糖含量就会越高。 >> 让肥胖小鼠吃高脂肪饮食，会降低其阿克曼氏菌的含量，但是如果在饮食中补充纤维，则可以让细菌数量回到健康水平。 >> 手术的一周内，肠道里的微生物区系不再像肥胖者，而是开始与瘦人的微生物区系变得相似，拟杆菌和厚壁菌的比例会颠倒过来，阿克曼氏菌的数量也会增加大约1万倍。 >> 包括病毒与细菌在内的微生物表明，肥胖症不完全是因为吃得太多、活动太少，我们从食物中获取的能量，以及能量以什么样的方式被人体运用及储存，都与我们身上的微生物区系有着复杂的关联。 ◆ 第3章 精神控制：大脑与感觉也受肠道微生物控制？ >> 改变宿主的身体，是生物增加自身演化适应性（繁殖后代的机会）的一种方法。但其实还有另一种方法：改变宿主的行为。 >> 这些微生物演化出控制行为的能力，好让自己扩散到新的宿主身上。感染狂犬病的狗将别的狗咬伤，病毒就能借此传到其他狗身上，继续繁殖；弓形虫操纵老鼠接近猫，等老鼠被猫吃掉之后继续它的生命周期；而金线虫必须在有水的地方才能找到伴侣并繁殖下一代。可控制宿主行为的这项能力，让微生物增加了生存及繁衍的机会，这也是演化对它们的恩惠。 >> 尽管大脑和肠子相距遥远，功能也完全不同，却拥有双向的紧密联系：不只情绪会影响肠道运作，肠道的活动也会影响情绪和行为。 >> 肠道里的微生物似乎能让它们变得更友善。除了友谊，你身上的微生物区系甚至也有可能影响你对伴侣的选择。 >> 也就是说，女性可以通过嗅觉审查男性的基因组，为后代寻找最合适的父亲。 >> 通过亲吻，我们也在决定是否要信任眼前这个人，不论是情感上还是生物学上。 >> 这涉及迷走神经——从大脑延伸到肠道的主要神经，其中分出许多分支连接不同的器官。神经就像电线，通过传递微小的电脉冲来传递指令或改变感觉。迷走神经会将肠道运作的信息——正在消化什么东西、活跃性等——传到大脑，其特别之处在于它也会将“肠道的感觉”传到大脑 >> 血清素、肾上腺素、多巴胺、催产素等物质大部分都是由我们的身体合成，它们会在神经末梢引发微小的电位刺激。但是神经递质并不全由人类细胞制造，我们的微生物区系也参与其中，它们也会制造同样功能的化学物质，刺激迷走神经并且与大脑沟通 >> 增加肠道有益菌对免疫系统有镇定的效果，不仅可以防止色胺酸被破坏、使人更快乐，还可以减少发炎。 >> 当吞噬病原体的免疫细胞同时吞噬了多余的突触后，大脑出现炎症是正常的。学习就是记忆与遗忘之间的精确平衡，建立连接并发现模式是智慧的标志，但这个过程若是进展太快则会使人生病 >> 。但人格特质能从一个人传给另一个人，这个想法确实将我们的思路拓展得更宽了 ◆ 第4章 自私的微生物：过敏是因为免疫系统太尽责？ >> 过敏是免疫系统过度反应的结果，它会摧毁那些对身体其实没有威胁的物质。要治疗过敏反应，通常会用类固醇或抗组胺药物来镇定免疫系统。 >> 毛茸茸的哺乳类直到左手中指的位置时才出现，而人类历史的长度就像中指指甲末端一根绒毛宽的距离。所以才有此一说：只要用指甲锉轻轻一锉，我们存在的所有痕迹便会消失。  >> 最终，如道金斯所言，自然选择的对象是基因，不管是动物的还是微生物的基因。相应地，罗森伯格的观点被称作“全基因体选择”(hologenome selection)：对宿主基因及微生物区系基因的组合做选择。 >> 我们的微生物区系为了自身利益，演化出了抑制免疫系统的能力，这个想法似乎令人有些紧张不安——一个关乎我们生存的重大安全机制，被我们最古老的敌人在最高级别篡改了。但不必担心，人类与微生物区系共同演化的历史，已经将我们的免疫系统调整成对双方最有利的状态。 >> 法萨诺的发现告诉了我们与免疫系统有关的一点。当肠道内有健康的环境与正常的微生物区系时，蛋白链锁定到位，肠壁细胞紧密地靠在一起，没有任何大型或危险的物质可以进入血液。然而当微生物区系失去平衡，它会表现得像是被温和版的霍乱弧菌感染一样，刺激免疫系统。接着免疫系统会做出回应，释放出连蛋白，使肠壁细胞间的蛋白链松开，想办法将细菌冲出体外。肠壁不再是一面坚不可摧的墙壁，将所有食物分子以外的东西阻隔在外，它的细胞之间出现漏洞，“不法分子”趁机穿过，借由血液向人体内的其他乐土移动。 >> 我们是时候从“卫生假说”过渡到“老朋友假说”了：我们并非缺乏感染，而是缺乏会训练并安抚免疫系统的有益微生物。 ◆ 第5章 细菌大战：抗生素的滥用 >> “食物中的抗生素残留是造成肥胖症流行的根本原因 >> 正确的洗手方式——用普通不含抗菌成分的肥皂，在温水下搓洗15秒——是非常重要的，它是维护公共卫生的中流砥柱，并且对降低感染传播有显著效果，特别是肠胃疾病的传播 >> 我们用肥皂和除臭剂来维持身上好闻的味道，却同时开启了恶性循环。肥皂和除臭剂除掉了皮肤上的硝化细菌，意味着皮肤上的细菌平衡被破坏了；细菌组成的改变会使汗水的味道变得难闻，所以我们得用肥皂清洗身体，并且用除臭剂盖掉臭味 >> AOBiome的许多其他员工也不再使用肥皂和除臭剂，而且经常一星期，甚至一年只洗几次澡。 ◆ 第6章 人如“其”食：微生物吃什么，你就“变成”什么 >> 来自胃的消化酶，加上胰腺和小肠本身分泌的酶，将大的食物分子分解成小分子，让它们能够穿过肠黏膜的细胞进入血液中。蛋白质就像扭曲且折叠的珍珠项链，被分散成短链和一颗颗被称作“氨基酸”的“珍珠”，它们是建构人体的基础分子；复杂的碳水化合物被切割成更容易吸收的片状物，称作“单糖”，例如葡萄糖和果糖，脂肪则被分解成甘油和脂肪酸。这些小分子被我们的身体吸收，制造能量、形成肌肉并再次为我们所用。 >> 事实上，微生物区系对人体营养的贡献远比制造维生素重要多了。对某些动物来说，若是没有微生物帮助吸收营养，进食可以说是完全无用的。 >> 纤维摄取量可能在肥胖症的流行中发挥了重要作用，但不代表脂肪和糖分就变得无关紧要。在高脂肪、高糖分的饮食中，复合碳水化合物的含量通常都很低。大部分纤维都是碳水化合物 >> 阿糖基木聚糖是包括小麦和黑麦在内的全谷物中纤维的重要组成部分，在小鼠的高脂肪饮食中补充阿糖基木聚醣，和补充低聚果糖有一样的健康效益，不只双歧杆菌增加了，拟杆菌和普雷沃氏菌属细菌的数量也变成了瘦小鼠肠道内该有的比例。只要让这些小鼠在摄取高脂肪饮食的同时多吃纤维，就可以解决它们的肠漏问题，让它们的脂肪细胞数量变多，而不是长得更大，降低胆固醇含量，并且减缓体重上升的速度。 >> GPR43是微生物与免疫系统沟通的桥梁。借着短链脂肪酸这把钥匙，我们喜爱纤维的微生物打开了免疫细胞的锁，告诉它们不要攻击。GPR43不只存在于免疫细胞中，也存在于脂肪细胞中。当它被短链脂肪酸打开之后，会强迫脂肪细胞分裂，以健康的方式储存能量，而不是让脂肪细胞变得更大。更重要的是，以短链脂肪酸解开GPR43会释放纤瘦素，这是一种让你产生饱足感的激素。如此一来，食用纤维也可以让你有饱足感。 >> 卡尼的研究团队扭转了大众对于饮食与体重的因果关系的认知。比起卡路里摄取与消耗的平衡，饮食（特别是纤维）、微生物、短链脂肪酸、肠壁渗透性及慢性发炎让肥胖症看起来更像一种能量调节的疾病，而不单纯是暴饮暴食的结果 >> 人如“其”食。更重要的是，你的微生物吃什么，你就会变成什么样。在你吃东西之前，先为你的微生物想想，它们今天会希望你吃什么呢？ ◆ 第7章 从第一次呼吸开始：来自母亲的微生物 >> 。不管你是否本能上对此感到厌恶，但这对婴儿来说是一个好的开始。生产之后，母亲给孩子的第一套生日套装，就是阴道中和粪便中的微生物。 >> 所以他在医护人员离开房间后，用医疗棉棒将妻子的阴道微生物转移到了女儿身上。 >> 免疫系统不仅将有害的细菌赶出身体，还会将有益菌送往正确的地方，将它们传递给新生儿。这是一个伟大的策略：细菌可以得到一个空间大、竞争者少的新家，婴儿在出生时也可以得到实用的细菌补给。 ◆ 第8章 微生物修复：从益生菌到“粪便移植” >> 关于益生菌，有三点需要注意。第一点是产品中含有哪些菌种和菌株。这些内容物通常不会被详细描述，或者所写的和实际培养或测序的菌种内容不符。种类越多有可能越好，但目前我们对不同菌株对身体的影响所知甚少。第二点，产品中含有多少细菌个体，或是多少“菌落形成单位”（colony-forming unit，简称CFUs）。这个问题必须回到这些旅客在肠道中所面临的竞争。菌落形成单位越高，表示产生效应的概率越大。第三点，细菌如何被包装。益生菌被包装成各种形式：粉末、药丸、营养棒、酸奶、饮料 >> 这也意味着它们是最初人类菌群研究的主要对象。若是在DNA测序和厌氧培育的新世界中选择益生菌，我们很可能不会选择乳酸菌来巩固我们肠道的细菌多样性 >> 那些对胰岛素再次变得敏感的男性，其体内微生物区系的多样性从178种增加到了234种。这些新增加的细菌属于会制造短链脂肪酸丁酸盐的种类，而丁酸盐则被认为是预防肥胖症的重要力量 >> 要维持长久的效应，我们必须为有益菌提供一个适合的环境，一个让它们可以繁荣发展的环境，通过日积月累，直到它们不需外界介入就能自行补充数量。要达到这个目标，我们必须求助于益生元(prebiotics)。这些东西不是活菌，而是细菌的食物，可以增加健康菌株的整体族群数量。例如低聚果糖、菊粉和低聚半乳糖， >> 不管是单独食用还是从食物（例如洋葱、大蒜、韭菜、芦笋和香蕉）中摄取益生元，它们带来的好处可能比益生菌还要广泛。研究发现益生元对于治疗食物中毒和湿疹非常有效 >> 基本上，美国人和非美国人的微生物组成的差异，反映了食肉和植食哺乳动物的差异。美国人的肠道微生物专门分解蛋白质、糖分和糖的替代品，委内瑞拉的印第安人和马拉维人的肠道微生物则适合分解植物中的淀粉。也许，那些考虑原始人饮食法的人要深思一下了。 ◆ 终曲 21世纪的健康 >> 阑尾一度被认为是人类演化史中一个毫无意义的退化器官，但我们现在知道，它其实是微生物的藏身处，为人体的免疫系统做培训 >> 值得注意的是，许多被发现与“21世纪文明病”相关的遗传基因变异，大都和肠黏膜渗透性及免疫系统调节有关。 >> 我们现在意识到，人类并非因为上了年纪，心脏就会变硬、细胞就会失去控制地增殖、血管就会爆裂。医学的新研究指出，这些都不是老化带来的疾病，而是炎症。如果其中存在高龄的影响， >> 因此，减少抗生素不必要使用的第一步，是发展快速生物指标识别技术，在几分钟或几小时内鉴别易于从人类身上采集的样本，如粪便、尿液、血液，甚至是呼吸。 >> 创造出可以破坏它们的抗生素，只有针对单一菌种，才能避免对有益微生物区系造成连带伤害。将事后治疗抗生素副作用的支出投入开发此类药物的额外花费上，也算是降低风险的一种方法。 >> 了解并操纵个体的微生物区系以改善药物造成的结果，是个人化医疗的下一步 >> 蔬菜、豆类和荚果（例如豌豆、黄豆等）往往比水果含有更多的纤维和更少的糖分 >> 如果问我们从“人类基因组计划”中学到了什么，那就是基因（先天条件）给了我们基本设定，使我们较容易患上某些疾病；但我们是否真的会得这些病，取决于我们的生活方式、我们的饮食，以及我们的经历-总之就是会受到后天环境的影响。 >> 但事实上我们知道，我们的DNA很少对我们的日常生活下达指令。而组成其他90%的100万亿个细胞和440万个微生物基因也是我们的一部分，与我们一同演化，我们不能没有它们

一本科普书，20万字，用时11小时读完。读国外作者写的这类书，会有一种感觉，一篇文章能解决的问题，偏要弄成一本书。核心观点：你只有10%是人类，你不是一个个体，而是一个生态系统，其中的微生物占比达90%，是身体里的动物园主宰了你。要杜绝21世纪的文明病，避免现代生活摧毁你的动物园，要关注他们的家园（肠道）、饮食（植物）、生态（抗生素）。 客观地说，读完后，对我是有启发性的。但书中的相关性与因果性有牵强之感，有些数据已经过时，有些说法明显武断，作者的不严谨和局限也很明显，主旨只有一个：重视肠道健康。 1、所有疾病都源于肠道，肠道是人体的微生物的中心，盲肠和阑尾是免疫细胞的住所。肠道微生态失衡是导致21世纪文明病的主因，压力使情况更严重，包括肥胖，过敏、抑郁。 2、解决肠道失衡首先需要避免滥用抗生素，抗生素的副作用是皮疹和腹泻，是微生物生态失衡的明显症状，抗生素会对家畜有增重影响，人要警惕抗生素导致的肥胖。作者强调包括家用除菌日用品的使用也要谨慎，尤其含三氯生成分的除菌产品，尽量远离。用普通的肥皂洗手即可，甚至提倡少洗澡，因为你的皮肤会自己照顾自己，有硝化细菌在内的微生物的帮助。 3、人如其食，你吃什么，决定你会变成什么。大肠里的微生物的主食是植物纤维。在满足你的口腹之欲时，别忘了用果蔬喂饱你体内的微生物。 4、选择自然分娩和母乳喂养，母亲给孩子的微生物是其健康成长的基石。 总而言之，威胁我们与微生物友谊的有三点：滥用抗生素、饮食缺少纤维，以及生产和养育孩子方式的改变。言而总之，要健康，那就要健康饮食与好好休息。 摘抄： 基因数实际上低于所有科学家的预测，仅有21000个。寄生在人类身体中的微生物共有440万个基因。 阑尾平均长8厘米、外径1厘米，外形呈管状，它不是一个萎缩的肉串，里面充满了免疫细胞。 粪便约75%的湿重来自细菌，约17%是植物纤维。肠道内都有大约1.5千克的细菌，差不多跟肝脏一样重， 被称为“血清素”的神经递质主要存在于我们的肠道内，“色胺酸”会直接转变成血清素。 甲硝唑抗生素会杀死厌氧细菌（在无氧环境中生存的细菌），由此导致的微生物区系组成的改变，会改变免疫系统的基本反应，并且直接干预人类的基因，使生产黏蛋白的基因产量下降，导致保护性黏液层也随之变薄。 肥胖症、过敏、自身免疫性疾病与精神疾病都显示出肠道渗透性增加的迹象，以及接踵而来的慢性发炎。发炎是自身免疫系统过度反应的结果，它会攻击穿越肠道边界进入体内的“非法入境”者，从麸质、乳糖等食物分子到脂多糖等细菌的产物，都在攻击范围内。 我们都知道抽烟喝酒会增加患癌的风险，但一般人不知道的是，我们更容易因为超重而患癌。 抗生素是造成肥胖症流行的主要原因。 医生开的抗生素处方大约有三分之一是给儿童使用的。 正确的洗手方式——用普通不含抗菌成分的肥皂，在温水下搓洗15秒。 酒精可以摧毁微生物细胞，而且它们没有抵抗的能力。 硝化细菌是一个特别敏感的细菌族群，而且繁殖得很慢，所以每天的清洁对它们来说就像受到化学物质轰炸。没有硝化细菌，我们排出的氨就不会转化成亚硝酸和一氧化氮，要是没有了一氧化氮，依靠我们的汗水维生的棒状杆菌和葡萄球菌就会失控。而棒状杆菌属细菌的数量变化，似乎就是我们身上难闻气味的罪魁祸首。 双歧杆菌是一种特别喜欢纤维的细菌。低聚果糖作为高脂肪饮食的补充（香蕉、洋葱和芦笋中都含有这种膳食纤维），而它真的让肠道中的双歧杆菌数量增加了。 若是吃了高脂食物却没有同时吃下高纤食物，对肠黏膜会有不好的影响。每天吃2种水果和5种蔬菜。 母亲给孩子的第一套生日套装，就是阴道中和粪便中的微生物。作为母亲，女性不只传递基因，也传递数百种细菌的基因。 女性很久以前就有用喝酸奶治疗霉菌性阴道炎（一种酵母菌感染）的民间疗法。 即使经历了4次剖宫产，选择自然分娩也不会有重大的额外风险。剖宫产出生的人患强迫症的概率是一般人的2倍。所以他在医护人员离开房间后，用医疗棉棒将妻子的阴道微生物转移到了女儿身上。 成人需要植物的膳食纤维，婴儿则需要母乳中的低聚糖。 母乳包含的130种低聚糖中，有些专门对付特殊的病原体。很少有配方奶粉中含有低聚糖或活菌。 哺乳会减少女性在晚年患2型糖尿病、高胆固醇、高血压和心脏病的风险。 到目前为止，粪便移植显然是治疗肠易激综合征最有效的疗法。 乳酸菌能在益生菌工业中拔得头筹的主要原因是易于培养，因为它们能在氧气中存活。我们必须求助于益生元。这些东西不是活菌，而是细菌的食物，可以增加健康菌株的整体族群数量。例如低聚果糖、菊粉和低聚半乳糖。 不管是单独食用还是从食物（例如洋葱、大蒜、韭菜、芦笋和香蕉）中摄取益生元，它们带来的好处可能比益生菌还要广泛。研究发现益生元对于治疗食物中毒和湿疹非常有效，甚至可能可以预防结肠癌。 人类并非因为上了年纪，心脏就会变硬、细胞就会失去控制地增殖、血管就会爆裂。医学的新研究指出，这些都不是老化带来的疾病，而是炎症。如果其中存在高龄的影响，那就是我们对身体的忽视，因为我们有足够的时间放任身体产生炎症，并使其发展到灾难性的地步。 抗生素可以帮助你，也会伤害你。衡量抗生素带来的好处是否大于你需要付出的代价。

全书太啰嗦了，论据和数据没有明确出处，车轱辘话反复说来说去，读的不胜其烦。概括起来也就是: (1)肠道菌群和微生物很重要，要保持好的饮食习惯，不乱用抗生素。 (2)胃肠道不光是消化器官，也是重要的情绪器官，要保持良好心态。 (3)如果肠道菌群紊乱了，可以考虑口服益生菌，也可以做粪菌移植。

读完《人体动物园》，我彻底改变了对人体和微生物的认知，原来我们的身体是一个庞大的微生物共生系统，这些微小生物与我们的健康息息相关。 书中让我明白，微生物并非都是有害的，它们参与人体消化、免疫等多项生理活动，是维持身体正常运转的关键。而抗生素虽是治病良药，却会无差别杀灭有益和有害微生物，滥用会破坏体内菌群平衡，损害健康。 同时，我也了解到纤维素、益生菌和益生元对维持微生态的重要性。纤维素是肠道微生物的养料，益生菌能直接补充有益菌，益生元则为益生菌提供养分，三者共同守护肠道菌群稳定。

好书，有很多关于微生物的新知，兼具趣味性与科学性，读起来也很顺畅。 作者提出来两个假说，一是关于减肥，肥胖的机理我们通常知道的就是卡路里假说，我看过还有一种假说是胰岛素假说，比如《我们为什么吃（太多）：食欲的新科学》，《肥胖代码》等书中讲到肥胖是因为胰岛素分泌过多，这本书提出第三种假说，微生物假说，特定微生物会导致肥胖，二是关于健康，我们通常认为人生病是因为病原体入侵，比如感冒，这是“卫生假说”，因此要用抗生素等杀灭病原体，但这种假说解释不了越来越多的心血管、中风、糖尿病、癌症等 21 世纪文明病，这本书指出要用“老朋友假说”替代“卫生假说”，所谓老朋友就是我们肠道的益生菌，甚至还包括一些有害菌。 人体并非一个裸猿，而是包含 100 万亿个微生物在内的共生体，这些微生物包含的基因甚至占到共同体基因总量的 90%。这给我们带来一个很大的启示，我们吃的每一口食物，并非只是补充自身所需，还有很大一部分是为了肠道的的微生物吃的，我们要有意识的挑选益生菌所需要的食物，比如包含膳食纤维的食物。甚至我们还需要挑选与谁在一起，在什么地方生活，我们无法改变自己的基因，但是我们可以改变微生物的菌落，也就相应改变了我们微生物共同体的基因。 从第一次呼吸到咽下最后一口气，我们都有微生物陪伴。随着身体的成长与变化，我们体内的微生物组也会跟着改变，并且利用它们的快速应变能力来满足我们和它们自己的需求，为我们的基因组提供延展性。如果一切顺利，母亲的微生物会是孩子得到的最棒的生日礼物。也就是说，当我们开始学习走路、讲话、照顾自己时，父母的微生物就和我们生活在一起了。作为成人，照顾包括人类细胞与微生物在内的体内细胞是我们的责任。